Μπορεί να διενεργηθεί λειτουργική ενδοσκόπηση κατά την διάρκεια της κατάποσης τροφής, για την εξακρίβωση των παθολογιών που ευθύνονται για την δυσκολία της κατάποσης.

Επίσης με την χρήση ειδικού ενδοσκοπίου γίνεται η ενδελεχή μελέτη της περιοχής του φάρυγγα και του λάρυγγα για τον έλεγχο της λάρυγγο-φαρυγγικής παλινδρόμησης.